Slyvų raupų viruso P3-6K1 genominio regiono sekų analizė Lietuvos ir Ukrainos izoliatuose

SANTRAUKA Slyvų raupų virusas, priklausantis Potyviridae (bulvių Y) virusų šeimai, Potyvirus genčiai, sukelia vieną pavojingiausių kaulavaisių ligų „šarką“. Per paskutinį šimtmetį virusas plačiai paplito po pasaulį, sukeldamas rimtus ekonominius nuostolius. Virusą nepersistentiniu būdu platina amarai, taip pat jis plinta su sodinamąja medžiaga ir vegetatyviškai dauginant kaulavaisius. 2007 metais Lietuvoje ir Ukrainoje atlikto slyvų raupų viruso tyrimo metu virusas buvo aptiktas aštuoniuose tirtuose mėginiuose, keturiems iš jų nustatyta PPV – D slyvų raupų viruso padermė (Norkus ir kt., 2008). Pastaruoju metu atsirandant vis daugiau duomenų apie PPV viruso 5‘ galines sekas, tuo pačiu ir P3 – 6K1 regioną, jo įtaką PPV infekcijos eigai, šeimininkų ratui, plitimo pobūdžiui (Saenz ir kt., 2000; Glasa ir kt., 2002), atrodo logiška atlikti detalesnius turimų PPV izoliatų P3 – 6K1 genominio regiono tyrimus, juo labiau, kad šiuo metu duomenų apie Lietuvos ir Ukrainos PPV virusų P3 – 6K1 regioną nėra. Magistro darbo tikslas buvo atlikti Lietuvos ir Ukrainos PPV izoliatų P3 – 6K1 genominio regiono sekų analizę, palyginant juos tarpusavyje ir su kitų PPV izoliatų sekomis, prieinamomis duomenų bazėse. Gauti rezultatai patvirtina sėkmingą 836 bp P3 – 6K1 PPV viruso genominio regiono amplifikaciją. Pagal šį regioną visi tiriami izoliatai priklauso PPV – D padermei (panšumas su PPV – D padermės izoliatų sekomis prieinamomis duomenų bazėse siekė 95 – 98 procentus). Tiriamų Lieituviškų PPV... [toliau žr. visą tekstą]

SUMMARY ANALYSIS of PLUM POX VIRUS P3-6K1 GENOMIC REGION SEQENCES in UKRAINIAN and LITHUANIAN ISOLATES Plum pox virus (PPV) is a member of genus Potyvirus, family Potyviridae and is the causal agent of the devastating stone fruit disease “sharka”. During the last centuary the virus became widespread in the world causing serious economical impact in number of countries. PPV spreads in nonperistent manner by aphis, with infected plant propagating material and with vegetative stone fruit propagation when source of grafts is infected with PPV. 2007 yer study conducted in Lithuania and Ukraine detected PPV in eight samples, in four of them PPV - D plum pox virus strain was determind (Norkus, etc., 2008). Recently, the more data on PPV virus 5‘ end sequences, and P3 – 6K1 region is apiering (its influence on the course PPV infection, hosts, spreading nature) (Saenz, etc., 2000; Glasa, etc., 2002), and it seems logical to to collect more data of P3 – 6K1 genomic region in Lithuanian and Ukraine isolates. The purpose of this work was to analyse Lithuanian and Ukraine PPV isolates P3 – 6K1 genomic region sequences comparing them with each other and with other PPV isolates sequences, available in databases. The obtained results comfirm successful 836 bp P3 – 6K1 PPV virus genomic region amplification. Acording this reagion all tested isolates is dependent to PPV - D strain (similaritry with PPV - D strain isolates seqences available in databases at 95 - 98 percentage). The Litthuanian... [to full text]